מזג האוויר בהונדורס הוא חמים במשך כל השנה אך מומלץ להגיע לטיול בעונה היבשה, בין החודשים דצמבר עד אפריל. בתקופה זו הכל יבש, חמים ונח לטייל. זוהי גם עונה התיירותית ולכן המקומות עמוסים והמחירים מתייקרים.
העונה הרטובה היא בין החודשים מאי עד אוקטובר ועונת ההוריקנים היא בין יוני עד נובמבר.